舰娘世界中人类的发展就如同蓝星上二十一世纪一样，高速发展的科技严重的破坏了星球上的生态，甚至还因为大海会十分神奇的随机产生钢材，铝材，弹药，燃料等各种基本资源，所以产生了不少黑科技。
其中舰娘的建造设备就是其中最顶级的黑科技之一，就连制造出第一台原型机的人类也无法将整个过程进行复制。
而拥有着少女外表，但是体内却蕴含着战舰之力的少女们也成为了舰娘世界的武力象征，想要了解一个国家的实力，那么只要知道这个国家有多少舰娘就好了。
同时想要建造出舰娘的建造设备由于人类无法进行复制，在最初原型机还差点引爆了世界大战，只是后来发现建造出来的工程舰娘能够制造出舰娘制造设备。
世界各个大国人手一台舰娘建造设备后，世界大战自然就没有打响，但是同时也为舰娘世界的人类埋下了一个巨大的隐患。
众所周知在没有外界压力的情况下，人类是一种十分喜欢内斗的生物，各国明面上有着舰娘作为武力威慑，但是私底下积极研发破坏力更加强大的武器。
于是既舰娘之后，心智魔方出现了，同时也意味着航线舰娘的诞生。
与舰娘的制造设备比起来，心智魔方的出现更加离奇，甚至就连舰娘世界的人类也无法研究出来，就如同他们无法研究出为什么大海会随机产生各种基本资源一样。
心智魔方的产生就跟基本资源一样，会随机出现在大海上，而只要拥有了心智魔方在消耗资源的话，那么就可以得到一名航线舰娘。
伴随着舰娘数量的增加，舰娘世界的人类也不再只满足于舰娘的武力，开始作死的触碰不该触碰的领域，那是一种理论上能够毁灭星球的武器。
而也正是因为舰娘世界的人类的这种作死行为，星球发怒了。
最先出现的是从大地中突然长出来的狰狞怪兽，从大海中冒出来的海水怪物，从岩浆中喷涌出来的熔岩怪物，各种自然界突然出现的怪物对人类展开了毁灭性的攻击。
最初这来自于星球的反击的确让舰娘世界的人类吃了不少苦头，全世界的人口总数一口气锐减了整整五分之一。
但是很快的舰娘世界的人类就缓过气来，并且依靠着黑科技还有舰娘的力量对于这些怪物进行了反击，一度将这些星球制造出来毁灭人类的怪物压着打。
伴随着人类收复了因为怪物出现而失去的国土，还有重新建立起来的新社会，星球意志，也可以称为“盖娅”的存在意识到了不妙。
依照现在的发展继续进修下去的话，那么总有一天人类会毁灭星球(盖娅)，她不能继续坐以待毙下去。
而透过观察舰娘世界人类能够遇到舰娘这种人形生物相处，“盖娅”想出了一套新的针对人类的方案。
模样狰狞的怪物不再源源不断的从自然界中产生，取而代之的是与人类外表一般无二的傀儡，这些由“盖娅”亲自操控的傀儡一点一点的渗透到了人类社会中，并且逐渐获取了极高的社会地位。
就在某一天，当傀儡已经几乎占据了舰娘世界的人类高层后，“盖娅”也真正图穷匕见，短短几年的时间就把人类杀了个一干二净。
而就在杀光了舰娘世界的人类后，“盖娅”将手中的屠刀转了个方向，指向了天真单纯的舰娘们。
于是一场残酷无情的杀戮发生了，无法用言语形容出来的悲剧在世界各个镇守府中上演，同时也就造就了被绝望所吞没，内心堕入深海的深海舰娘出现。
这些深海舰娘是最初，同时也是深海舰娘的原型。
舰娘世界人类之所以一直无法明白舰娘是怎么建造出来的，原因就在于他们并没有意识到舰娘们的本质，那些有着战舰之力，同时象征着人类历史上战舰英灵的少女们是由人类集体潜意识，也就是阿赖耶识的关系所诞生的。
而在舰娘世界的人类被“盖娅”给占尽杀绝后，照理来说应该一同消亡的阿赖耶却由于舰娘的存在而得以继续存在下去。
只不过由于舰娘被杀绝，仅剩下堕落的深海舰娘还存在，所以得以苟延残喘的阿赖耶产生了异变，在占据了一个盖娅的化身后变成了如今的“海军法典”。
以舰娘为基础，辅以怨恨等各种负面能量，这就是深海栖舰还有深海舰娘的诞生。
这些被“盖娅”准备斩草除根的深海舰娘们在有大海上开始了她们的反击战，在有着海军法典为后盾，即使阵亡后，只要海军法典不灭就有重新再现的一天，深海舰娘们悍不畏死。
虽然无法击杀“盖娅”，但是让其毁灭舰娘的这一行为不顺利还是没有什么问题的。
如此深海舰娘与“盖娅”之间的战争持续了不知道多久，有一天“盖娅”意识到了凭着自己的力量并没有办法消灭“阿赖耶”这个存在，但是如果透过舰娘击沉深海舰娘的话却能够削弱阿赖耶的力量。
于是乎“镇守府提督”开始出现了，以虚假的傀儡伪造出人类还欣欣向荣的景象，建造出舰娘与深海舰娘进行战斗。
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